`
`Fig“ i
`
`ffim
`
`SAMPLE
`
`: NNENANANNN
`
`:
`
`AAA
`
`NNQNLET
`
`’ NENENATaNN
`
`
`
`
`
`‘“““““““““““““““
`
`““““““““
`
`QETEQTfiQN
`
`
`
`.“““““““““““““““
`
`“““““.“““5:6
`
`QATA
`
`ANALYSES
`
`,
`
`
`
`2/65
`
`
`
`
`
`mwmmmhmdfl
`mmmmgxz‘qfigMzgguwammzagfimfimgAAAAAAAAAAAEmma”figsfimm
`
`
`
`
`
`Nfi.WEwzszEszumy?“
`
`g8.flmfizmmxaMafia3%mmgma
`
`wszQMMmzm
`
`
`
`mUWQmmfihzmwaamhmzm
`
`
`
`
`
`MQimnumwzmflag.mmfifimhzav
`
`
`
`
`
`“““““““““““““““““swfiwgmmxhmmmmmawmfifl
`
`
`
`Mwamanmmmamafimfiw
`
`
`
`mmfigmammmmd
`
`$me
`
`muggy”
`
`magnumH
`
`
`“gmmmwmgm
`
`
`
`
`4/65
`
`
`
`
`
`m§§SEQ
`
`
`
`wfifimmmwhfiammm
`
`wmmH“““““““““““““““““““““““““““““““““““““““““H“““““““““““““““““““““““““““““““““““““““‘
`
`H 5/65
`
`whmgwmammw
`
`
`I“““““““““““““4aaaaaaaaagageafiseaefiM
`ammmwm3mm“.@an
`mmaaww Awfifimmgfium
`.mefi‘‘
`
`mmm‘uw“““““““““““““““““““““““““““““““““““““““““““““““““““““““““““““‘,mammk
`
`
`
`
`ffiggs§3
`
`6/65
`
`322
`
`K»Q1Q
`Q “““““““““““““““$13“
`
`
`Q
`Q
`'TRANSPQRT
`314
`§““““%
`’GENERAWE§““““Q§ QQQRE
`QQNQENTRQQE
`QRQPLETS>
`
`
`TQ
`,““““Q,
`QRQPLEng “ggRgpLETSE _
`QRQPLE?S
`’ REAQTEGN
`'
`
`
`
`
`
`SUE
`2% QQQ
`LgQQQQQQQQ REAST
`'
`‘mETEQT ”DRQPLETS
`
`
`
`
`
`
`
`’REQERVQQQ
`
`fTRANSFERi
`v QRQPLETQ§
`¥RGM ;
`
`56838
`
`
`
` ‘
`
`‘_____ REACTEQN »
`
`QQQ"
`
`
`
`W65
`
`
`928
`
`‘
`‘
`E
`,DE?ECTQR§
`I
`mwmwmwm:“““““““3??
`qugygy
`g
`
`,
`
`g
`§,934
`
`‘
`
`§§fl
`
`Q58
`
`
`a
`+
`x
`£3§5§§§T£
`‘32
`“““““““““““““““““
`g
`9-. M
`g §RQPLET g
`g
`‘
`gQENEfiEGRg
`“““““““““““““““““l—““““1
`
`g
`g
`
`iPRESSQRE’
`gamma
`
`
`
`
`
`Fig“ 15
`
`
`
`miW ”3935 mm 1655
`W
`i
`I
`AijTQSAMpLER ““““
`
`WWWWWWN
`SETE
`
`““““
`
`WASTE!
`““““CQLLECHQN
`
`W85Q
`
`W163i)
`
`
`
`Figs,
`
`E. §
`
`103%
`\&
`’gfiy‘i
`
`”36??
`
`f :31“-
`
`W65
`
`1935
`\
`
`FACKET 2 (1:36:22)
`
`“E 068
`
`’E {355
`
`WELL3
`
`WELL as
`
`QACKET 3 (”3 $64)
`
`‘zfiwfwE‘§
`aw.,Xfig”?Um
`
`
`
`
`
`
`3.9/55
`
`
`
`
`
`E3565
`
`
`
`
`
`3.2/55
`
`
`Nfifigflmmmk
`
`\gmmfimammxww
`
`mzfimmafifimma
`
`
`
`
`
`
`méa
`
`1239
`
`1239€252
`
`12301244 1242
`
`
`
`3.4/55
`
`
`
`1284
`
`{’3 272
`
`
`
`
`
`
`
`
`
`3.6/55
`
`WWW”
`
`
`
`3.7/55
`
`
`
`
`
`EMAGER
`“3338 13%
`
`M 382
`
`
`
`3.8/55
`
`
`
`1433
`
` AAAAAAA
`
`144a
`
`1444
`
`v/
`
`AAAAAAA
`
`VALVE
`
`”$4355
`K
`
`
`
`AAAAAAAA
`
`@448
`
`WASTE;
`CQLLECTEQN
`
`K‘MSQ
`
`
`
`
`‘
`
`fiNJECTEQN “““““
`VALVE
`
`
`‘
`
`
`
`
`‘ CGLLEQTKEN
`
`3.9/55
`
`AUTQSAMPLER
`
`““““
`
`
`
`
`
`29/55
`
`mmww/y
`
`ggum
`
`..mung,
`
`@233QO
`
`
`
`“““““““““
`
`
`
`$.33,@zmmnommm
`
`gag?“
`
`mfimm
`
`
`
`
`
`zefimgugggzmgmmmggmag
`
`‘
`
`
`mgg”23$me,gmfi@30szmeWmmgmmgfimgg
`
`
`
`
`
`
`
`
`
`
`
` m QTHER
`
`REAGENT QHAMEER$
`
`
`
`22/55
`
`1?28
`
`by
`
`K
`3:
`
`”a
`
`g
`
`V
`
`Figs 4§
`
`1?4%d 1?4Qe
`mm
`1740b"? ?4§§;/\ ;
`"gig “W429
`”flfffiW
`
`j‘maak
`
`I mm
`s“ ”””””
`
`g: Manama ““““
`
`Fig 4324
`12?G 1?36
`
`1?38
`
`1?28
`
`
`}0.
`
`,ea
`
`€744
`
`:17498
`
`”HM-0b
`1?4QC
`
`1?4Qۤ
`
`1?4Q$
`
`
`
`
`
`23/55
`
`
`“32749
`“EM-{3&3 3“}?4QQ 12’4Gd 1?4Ge
`
`
`
`
`
`
`
`Fig, 48%
`
`fig 48C
`
`{189%
`
`1815\
`
`
`
`
`
`2fi/55
`
`
`
`REAGEggCEEfiBERS “315% §
`N: 912
`
`
`
`26/55
`
`$thE.
`
`mmmmS85
`
`
`
`
`
`N.mammmaéuEmmfim
`
`
`
`27/55
`
`
`"Pm“ \
`Him“
`
`
`
`~88Q8888
`REAGENTPUMPS
`
`
`
`338188838188838188cfi2188 §
`8
`8
`88888 81888 81888 81888 88888§
`
`
`
`
`
`
`28/55
`
`
`
`
`
`29/55
`
`
`
`
`
`
`
`
`
`
`
`
`
`32/55
`
`mt“.p
`
`MMMm,_m““_m_w_mM_nnnflfl__‘_‘~
`N\\\\\\\\\§§%‘§\\\\\\‘N\\$\VN\\_.\\\\\‘\\\\\V
`
`
`
`a
`
`“a-. ‘3.
`a5
`a
`0
`5:
`2““ g I I» g»
`H
`d.
`9“
`as
`Q,“
`"
`9a
`.9“ 5
`l
`I
`s
`5
`
`n :
`
`3
`3
`‘
`
`i
`a
`s
`a
`
`
`
`f
`
`mI‘
`
`m
`
`
`
`3fi/55
`
`“
`'
`Fag“ ”$3
`
`Efiflfi
`
`if
`
`31%
`
`PRQVEQENQ A HGT-“START TEM?ERATURE TS A FLUifi
`
`PRQVESENQ A QENATURENG TEM?ERATURE ”K? A FLEJEEIE
`
`TEMPERATfiRE TQ “THE FLUKE
`
`PRQVEQENG A FQLYMERASE EXTENSEQN
`
`
`
`36/55
`
`
`
`
`
`12:: m
`
`a\ x
`
`32%8
`
`
`
`\ {w
`
`3228 ~
`
`’ 3234
`
`
`
`39/55
`
`Fig, 728
`
`3238
`LAMNAL
`
`:E
`
`:
`
`
`
`49/55
`
`Fig 8
`
`$5 ““““““““““““““““““““““““““““““““““ ““““““““““““““““““““““““““““““““““““““““““““““““““““““““““
`
`
`
`"fEMPERATURE(QC) “5m
`
`m2:3
`
`"WEQ
`
`AVERAGE
`
`Fmaa
`
`VELQCEW
`
`5%
`
`:::
`
` $5 ‘ ‘
`
`
`9.32
`9.633
`3&4
`(3.05
`@336
`ARC—LENGTH (RAWANS;
`
`
`
`4E/55
`
`
`
`
`
`42/55
`
`ANNEAL
`
`
`
`EXTENQ
`
`
`
`Mfififigfikm.
`
`3256§\\_
`
`
`
`
`
`3
`Fig 843333;;
`MELT 3'3
`
`3
`
`33/33
`
`33333
`K”3:233 33333 3
`ANNEAL 3|3 3/32133 EXTENE
`
`333333
`
`K32GGH33333 3
`
`Fig 8%333443
`
`333233
`
`{3206333333
`
`Fig 8§333333
`
`
`
`
`
`
`
`44/55
`
`
`7 3213f EXTENQ
`
`3%255f
`
`325535
`
`£32991?
`
`
`
`{32mg
`
`“255$:
`
`3%256g
`(32%;: EXTENfi
`
`
`
`
` 3334“
`
`
`
`a
`Figs: 8%
`
`3254?}
`
`32583
`
`“
`
`4&‘55
`
`{329951
`
`
`
`
`
`
`
`
`
`
`
`48/55
`
`WFLUQRESQENCE »
`
`T§ME{$)
`
`
`
`
`
`
`
`
`
`
`
`51/55
`
`Figs 1 SQ
`
`QQ44
`
`Fig“ E. {E E.
`
`
`445%
`
`4455K?“
`
`
`
`
`52/55
`
`
`
`
`
`53/55
`
`
`
`‘LN,~AX
`a‘<>§3
`NEfifém
`efy
`
`4562
`
`4554
`
`$4553¢fl
`
`§
`i
`;
`
`f”
`4585
`
`IIIIIIIIIIIIII I;
`fifilfiflfiflflflfifilfi.fifi
`Ills-lllllg-IIII
`flfiflfllflflfiflflg‘fiflflflflfii o
`lulu-A-l-mfiullnm
`
`o
`
`6’
`
`
`
`54/55
`
`EXTRACT TARGET ENFORMA‘E‘BQN
`
`
`
`GQMPARE EEETERMENEB GONFEDENQE CQNBENQN
`““““““““““““““““““
`““““““““““““““““““
`
`
`
`gamma
`
`wamffiaia
`
`CQNHEENSE CQNmTaQN
`
`
`
`
`I
`
`ATTAENEQ
`
`
`
`
`QRQPLET
`“““ W;;;‘GENERA?§QN PARAMETER
`
`AmuSTMENT
`
`
`
`
`»~4822
`3
`ADJUST MRQLET
`
`PARAMETERS)
`
`“““““
`
`TARGET MQLECULE CQNCENTRATEQN
`
`
`
`56/55
`
`figs 1 Q8
`
`3&6;
`
`§mmwMEAsUREm§
`;
`§fiS$QQRAM§i
`
`COU »»»»»»»»»»»»»:3:»»»»»a.
`
`
`?é@
`6&3
`25%
`3am
`4Q
`fiéfi
`MEASQRE QF iNTENSEW
`
`aéfi
`
`90%
`
`Figs: mg
`
`339;
`
`3
`:meEAsuREQ
`HESTQGRAM .
`
`3
`
`g
`
`5
`
`immfiTGRfiEfizi
`...... FET QRQER 4
`i““fiTQRfiER?5
`
`g
`
`Sm
`32mgé
`CQU
`
`,
`:3
`
`
`
`
`
`5&0
`85%
`?§a
`afifi
`QGG
`23%
`3am
`43%
`MEASQRECEfiNTENSfiY
`
`
`
`LEEREEEQUALS
`
`57/55
`
`fl LMS RESEQUALS
`
`{mm
`
`am;
`
`{mag
`
`2%
`
`CQLLECT mm mam QRQPLETS
`
`‘«4§$§
`
`4mm
`
`QETERMENE THE AQTUAL ERAGTTQN 0E
`
`TARGETwQQNTAENTNQ ERQELETS FRGM EATA
`
`, ESTEMATE TARQET CQNCENTRATEQN BY MENEMEZTNG A MEASURE
`GE THE EEEEERENCE BETWEEN THE THEQRETECAL ERACTEGN
`
`
`
`
`
`AME} THE FRACTEQN EETERMENEE ERQM THE EATA
`
`
`
`Fig. i m
`
`58/55
`
`5?13
`K»
`
`5mg
`~
`NEéATEVE
`
`
`
`SEGNAL ~~~~~~~~~~~~~~
`
`57%
`P SETEVE
`W26
`FAL§E
`NEQATEVE
`
`»
`
`:
`
`5mg
`FALéE
`PQSETEVE
`5M4
`
`+
`f
`
`~~~~~~~~~~~~~ ; ~~~~~~~~~~ “mm-THRESHGLQ
`
`—THRESHQLQ
`
`CAMBRATEQN ...........
`REAQENTS
`
`{WA .........
`5275*?
`“59“».ANALYZER
`
`
`
`
`
`Figs: 1 E S
`ETQE
`55232 {3ng
`
`5784
`
`5?88
`CHANN E... E
`
`
`‘5?95
`
`KSTQE
`
`ESTES
`
`QU NCHER
`
`
`
`ETQG
`
`
`
`{3H NNEL 2
`
`
`
`
`
`
`
`
`
`FQRWARQ
`
`
`
`
`‘EE
`
`PRQBE:
`
`STQAEX
`
`
`
`
`
`. EREMERE:
`
`
`
`
`REVERSE
`
`2 FALSE
`
`(58E 3
`
`,
`
`mama.
`
` Fig E w
`EQSETEVES
`(CHANNELE)
`
`{WEmE
`
`wwmmmvwwww—"fihTHRESE—EQLB
`EgE
`EEEEE 5314
`
`
`SEE
`EEEEE
`EEEEEEEEEE
`
`
`TRANSFQRM g x
`TEME
`25%;
`Eg
`{5812
`
`
`
`(CHANNEL2)
`$EGNAL
`
`
`
`
`
`
`
`EEEEE
`
`EEEEEE2EEEEEEE
`
`EEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEE
`
`{5818
`{EFALSE
`PQSETEVES
`
`“““
`
`Q
`
`L”
`
`0:1:
`
`
`EEEEEE
`
`
`
`
`
`Fig” i .3 g
`535%
`
`535:2
`TfiQN
`
`CALEB
`
`5854
`T ST
`
`KW» F—A_W
`:
`: Rf5858
`§ §§ 5§§Q
`53642 5862
`SEGNAL
`
`4/
`
`5885
`
`EALSé:
`
`(T53?)
`
`MQRMALEZEB3563ka
`
`5890
`
`
`
`Eggs E. 2 E»
`
`‘ 5‘?56
`
`SAMFELE
`
`““““““““““
`
`
`
`;
`‘
`
`i
`i
`
`;
`
`i
`s
`
`AMPLaFaaAfiQN
`REAGENTS
`_
`
`QGNTRGL
`AMPUFKAHQN
`
`REAGENTS
`
`§
`
`CQNTRQL
`
`TEWLATE
`
`i
`
`[5?43
`{591%
`
`{5-244
`g
`
`{5mg
`g
`
`‘
`
`{5mg
`g
`
`“““““““
`
`““““““““
`
`““““““““ m.
`
`““““““““““““““““““““““““““““““““““““““‘
`
`53755Figs E 22 {5?4Q
`
`
`
`
`
`REAGENTS
`‘““““““““““““
`‘“““““““““““““
`
`
`
`CQNTRQL
`AMPLEFECATEQN
`,,,,,,,,,,,,,,,,,, 2
`
`
`REAGENTS
`
`
`[5&23
`
`{53?44
`
`{5?45
`
`{5748
`
`AMPLEFiCATEQN
`
`“““““““133;”:
`
`““““““““a»
`
`‘33“
`
`Figs 1 2.3
`
`FRQBE E:
`
`Vi}:
`
`3333::
`
`AK«$92
`mFGRWARB‘S
`REVERSE 1
`
`PNMERSE:
`
`PRGBE 2;
`
`““““““““““
`
`53388
`CH NNEL “E
`5?58\
`5““Nflwgi QUEN6§ER1
`
`5?9a
`
`
`
`
`5?§a
`
`
`CH NNELZ {5933;
`
`
`5933 i
`5”35\QYE2 QuENaHééz
`%
`
`
`
`
`g
`
`
`
`
`~mmmmmFQRWARQ2 §
`:
`
`
`PREMERS.
`REVERSE 2
`
`
`
`
`62/55
`
`Fig“ E 24
`
`Fig“ E253
`
`iNPflBfFKEN:
`
`
`
`Ni§§N§HBY§K§NZ
`
`5§4Q
`
`
`
`
`5944
`\
`
`NQEEST
`
`$fi3$¥ffifl§8
`
`
`
`NQTES?
`
`PQSWEVES
`
`
`
`
`
`
`TfifiE
`
`NQ QQNTRQL
`
`mamvgg
`
`Figs 1 2%
`5755
`g
`:- '
`§
`SAMPLE
`g““““““““E
`>
`
`{5?44
`i
`g
`
`fiffigéfi
`
`{596%
`
`AMPLEFECATiQN
`REAGENTS
`
`i
`
`>
`
`g
`
`{5?45
`
`{5‘34
`
`:
`REAGENTS
`
`CQNTROL
`
`AMPUFmfifiQN
`
`§
`
`§,,,,i
`
`QQNTRQL
`
`TEmaaLATE
`
`émw£
`
`'
`
`i
`
`E
`
`
`
`63/55
`
`
`
`
`
`
`60:2
`
` {EYE ”E 4* {EYE 2
`MEXQETAHQN MGM”?
`8014
`
`6&22
`
`
`
`SENQLEA
`“6929
`EXQETATEQN
`3 K5?48
`SQTEQS
`3
`
`
`5943
`
`565i)
`FggLSE
`N EGATEVE
`
`TRANSFQRM
`
`
`
`6&‘55
`
`TRANSFQRM
`
`